現在のマザーボードは、ATX規格のマザーボードですが、サイズの規格も幾つかあり、取り付けるケースによっては入らないことも有り得るのでないがしろにはできない知識です。
ATX：基板サイズ 305mm×244mm。タワー型デスクトップパソコン（フルタワー、ミドルタワー）で多く用いられる。基板面積に余裕がありコネクタやスロット数が多く拡張性が高い。
（ATXの例、写真はPentium3を2個搭載したところ）
Micro-ATX（マイクロ-）：基板サイズ 244mm×244mm。ATXを小型化した規格で、小型（マイクロ）タワー型から省スペースデスクトップパソコンに用いられる。
（Micro-ATXの例、右下はPentiumDualCore CPU）
Flex-ATX（フレックス-）：基板サイズ 244mm×191mm。Micro-ATXをさらに小型化した規格で、ブックシェルフ型・キューブ型省スペースパソコンに用いられる。
Extended-ATX（エクステンデッド-）：E-ATXと略すこともある。基板サイズ 305mm×254mm。ATXを大型化した規格で、マルチプロセッササーバ、ワークステーションに用いられる。
ATX電源について
ATXマザーボードを動かすにはATX電源が必要で、勿論、現在市販されている電源は全てATX電源ですが、取り付ける機器個数にもよりますができるだけ容量の大きいものを選んだ方が長持ちします。勿論やみくもに大きくすればいい、というものではなく、システム構成にあったものを使うことです。なお、システム構成によってはACアダプタが使えることもあります。
取り付けるケースとの兼ね合い
よく使われるミドルタワーケースの場合、E-ATXを除く全てのサイズのマザーボードを搭載可能です。一方、サーバー用途に使われるE-ATXマザーボードはフルタワーケースでないと取り付けられないので、注意が必要です。
自作パソコンではATXマザーボードにミドルタワー、という採用例が多いのは拡張性や汎用性がちょうど良い、ということもあります。
省スペースPCを作る場合は、マイクロATXにマイクロタワーという組み合わせが多く、拡張性を犠牲にすることで省スペースが実現できます。これら省スペースPCの場合はケースにマザーボードを取り付けた状態で発売されていて、あとはCPUやハードディスク、メモリを搭載するだけですぐに稼働できるベアボーンキットで発売されていることが多くあり、ノートPCの自作もこういったキットで行えます。
