ハードディスク(HDD)は、使っているうちに、データが段々バラバラに書き込まれていくため、情報の点在化が起こり、いわいる断片化した状態になります。これが起こると、HDDのアクセス速度が低下したり、無駄な動きを経験することになると思います。これを解消するのが、デフラグメンテーション、いわいるデフラグで、Windows系OSには必ず最適化ツールが搭載されています。
WindowsXPの場合、マイコンピュータ→ローカルディスク→プロバティに進むと、以下のウィンドウが現れるので、最適化するを押します。

いきなり最適化が始まるのではなく、まず分析を押してHDDの状態を確認します。「最適化の必要はありません」と出たときは行う必要はありません。「最適化して下さい」と出たときだけ、最適化を行って下さい。最適化は1時間程度はかかるので、時間のあるときに行って下さい。

最適化が終わると、以下のメッセージが出ますが、最適化できなかったファイルが生じることがあります。最適化のレポートを見ると、最適化されたファイルとされなかったファイルの確認ができます。

WindowsXPとその前のWindows2000では、標準装備のデフラグツールは米Diskeeper Corporation社が開発している「Diskeeper(ディスキーパー)」の機能限定版です。
Windows標準装備の最適化ツールは、WindowsVista以降からは、GUI部分が省略されており、ディスク使用イメージ/最適化イメージのグラフ表示が省かれています。
NTFSでも断片化する
Windows9*系は、FAT/FAT32というフロッピーディスク(FD)フォーマットのファイルシステムになっており、断片化が生じやすいとされていたため、シマンテックの最適化ツールが標準装備されていました。WindowsNTでは、NTFSを選べば断片化は生じにくいとされており、NT4.0まではデフラグツールは標準装備されていませんでしたが、この目論見は結局失敗しています。
Windows2000/XP/Vista/7では、NTFSが標準ファイルシステムですが、NTFSといえども断片化は生じます。どこの段階でデフラグするかは難しいところですが、目安として、デフラグツールで分析して「最適化して下さい」と出たときに行うということになります。なお、デフラグするときは、HDDの一部を使用するので、ある程度の空き容量がないと行うことができません。少なくとも15%の空きが必要です。空きが少ないと最適化する際非常に時間がかかります。また、デフラグを行うときは、スクリーンセーバーやセキュリティソフトをオフにした状態で行うことが望ましいです。
もう一つの最適化方法は、HDDのデータをバックアップしてから、HDDの中身を消去し、バックアップを書き込むという方法があります。この場合すべてバックアップが順序正しく書き込まれるので、インストールしたのと同じになります。これは専用ソフトを使って行うようになります。
なお、HFS+を採用するMac OS系は、Mac OS Xで は自動デフラグ機能がバックグラウンドで常時起動しています。デフラグは少しずつ自動的に行われるため、ユーザーが意識する機会はなく、またファイルの前後にあえて空き領域を確保することで断片化が起こりにくいようになっており、アップルはデフラグツールの使用を推奨していません。
※SSDは最適化してはいけない
HDDに代わって使用されるようになったSSD(ソリッド・ステート・ディスク)は、元々デフラグする必要がない構造なので、デフラグする意味はなく、デフラグとの相性は悪いです。SSDは記録方式がHDDとは全く異なっており、最適化すると寿命を縮めることになるので、決して行ってはいけません。



